保健機能食品制度とは、国が有効性や安全性を個別に審査し許可した特定保健用食品(トクホ)と、国が定める特定の栄養成分の規格基準に適合した栄養機能食品に加えて、2015年4月から新制度としてスタートした「機能性表示食品」制度の3つのことを指す。
食品の目的や機能等の違いにより、「特定保健用食品」、「栄養機能食品」、「機能性表示食品」に分けられます。

特定保健用食品（トクホ）だけは、効果や安全性の国の審査と消費者庁長官への届け出／承認が必要で、健康の維持・増進に役立つことが科学的な根拠に基づいて認められて、表示が許可された食品です。
一方、栄養食品はビタミンやミネラルなどの指定の栄養成分を基準量含む食品。機能性表示食品とは、生鮮食品を含むすべての食品（一部対象除外あり）のことを指します。

あくまでも、上記は食品であり、医薬品や医学部外品とは異なります。